29 декабря 1884 г. было основано Вильнюсское оборотное депо паровозов.
В 1888 г. оно было переименовано в Вильнюсское паровозное депо и имело свой парк паровозов.
В 1970 г., после увеличения парка тепловозов, стало называться Вильнюсское локомотивное депо.
1 октября 2003 г. было переименовано в ЗАО Вильнюсское депо по ремонту локомотивов.